La estomatitis aftosa recurrente (EAR) no tiene una etiología específica pero puede estar asociada a desórdenes sistémicos, deficiencias nutricionales y de inmunoglobulina A, enfermedades gastrointestinales, inmunodepresiones incluyendo el síndrome de inmunodeficiencia humana VIH-SIDA, enfermedad de Reiter, síndromes como el de Sweet, MAGIC (úlceras en boca, genitales con inflamación del cartílago) y PFAPA (fiebre, adenopatía, faringitis, y aftas) o formar parte de la aftosis de Touraine, la aftosis bipolar de Neumann, Ulcus Vulvae Acutum, enfermedad de Behçet y enfermedad de Crohn.