Las lesiones pigmentadas se caracterizan por el cambio de color en la mucosa oral. Esto se debe a pigmentos externos o exógenos o a pigmentaciones endógenas. Las lesiones pueden ser de diferentes colores siendo las pardas o negras las más comunes. Las pigmentaciones raciales, máculas melanóticas, melanosis del fumador, nevos melanocíticos, melanoma, eritema fijo pigmentado son producidas por pigmentos internos así como los síndromes del VIH-SIDA, Peutz-Jeghers, Sturge-Weber, enfermedad de Von Recklinghausen, enfermedad de Addison y el xeroderma pigmentoso, que producen pigmentaciones en la mucosa. Los tatuajes son producidos por pigmentos externos.